Ok he estado jugando un buen rato con el código de !gnusocial y de entrada veo que dibuja el DOM usando funciones PHP desde archivos del núcleo que no se pueden sobreescribir desde el tema y en mi opinión eso es una mala práctica.

El html y la lógica deberían estar separados. Como eso ahora es imposible la solución pasa por permitir sobreescribir esos archivos desde el tema activo.

Dicho de otra manera, el software debe comprobar si el archivo está en el tema y si lo encuentra usar este y no el del núcleo.

En fin, creo que puedo hacer un tema totalmente nuevo usando Bootstrap 4 en un diseño fluido y responsive editando ciertos archivos y renovar completamente el aspecto del programa.

Como estoy como un niño con juguete nuevo voy a intentarlo.